小引卷一水部诸水火部诸火土部诸土金部金赤铜铜青自然铜古文钱铅铅粉铅丹密陀僧锡铁落针砂铁精铁锈石部玉云母白石英紫石英丹砂银朱水银轻粉灵砂雄黄雌黄石膏滑石赤石脂炉甘石无名异石钟乳锻石浮石阳起石磁石代赭石禹
自序凡例（六则）卷一 中风门中风（类中导入）卷二 诸伤门伤寒暑（参绪论暑证）湿（湿热）燥火伤饮食劳倦虚损（传尸）卷三 寒热门发热热潮热恶寒（背恶寒）振寒战栗寒热疟厥卷三 诸气门上气郁痞满腹满水
自序卷一医范医鉴慎疾保生慎药求医诊法脉用药卷二古人今人古书今书卷三形体中风伤寒阴证阳证暑暑风霍乱转筋（俗称吊脚痧）热热入心胞疫痧疟三阴疟痢泻疝咳嗽噎吐头痛胁痛腹痛肝病七情不寐卷四吐血诸血汗疸肿消伤食邪
序论痘疹受病之由论痘疹治法类集痘疹已效名方附方附：
重刊宋本洪氏集验方序重刊宋本洪氏集验方后叙卷第一治痢肉豆蔻散祛疟散大交泰丹混元胎丹还少丹琼玉膏一粒金丹神妙六逸丸铁瓮申先生交感丹降气汤牙药卷第二（痈疽）化毒排脓内补散神授痈疽灵方治乳痈发背，诸般疮毒灵
卷一中风总括中风死候类中风总括伤风总括痉病总括痉病死证破伤风痹病总括周痹痹病生死证痹入脏腑证痿病总括痿痹辨似痿病治法香港脚总括香港脚死证卷二内伤总括内伤外感辨似虚劳总括虚劳死证虚劳治法痨瘵总括痨瘵治法
卷上卷下
注序补注《明医杂着》序卷之一仲景东垣河间丹溪诸书孰优处方药品多少论异法方宜论丹溪治病不出乎气血痰郁产后发热伤寒时气病后调养泄泻劳热饮食劳倦内伤发热伤寒发热伤暑发热病有感伤中心腹疼痛病时静心息虑发热论补
叙静功静功妙药醒语静功妙药八懿静功妙药前珍静功妙药九种闭息导引八段锦八段锦诗十六字三字六字十二字七返九还袁了凡静功诀纪验纪验二刻
孙序徐序沈序卷一华佗论病理神方一○○一·论人法与天地一○○二·论阴阳大要一○○三·论生成一○○四·论阳厥一○○五·论阴厥一○○六·论阴阳痞格一○○七·论寒热一○○八·论虚实大要一○○九·论上下不宁一○