序论痘疹受病之由论痘疹治法类集痘疹已效名方附方附：
《滇南本草》序一《滇南本草》抄本跋《滇南本草》抄本后序重刊《滇南本草》序《滇南本草》序二第一卷石莲花木贼贯众七星草石苇白果松节、松笔头、松香、地盘松球侧柏叶玉兰花野棉花云连白芍、赤芍牡丹皮鸡头实荷叶藕
序卷上形诊总义身形内应脏腑部位篇身形内应脏腑病证篇卷上形诊生形类三人篇阳人阴人篇五人篇二十五人篇三阳上下气血多少形状篇辨皮色不胜四时之风篇辨寿夭肥瘦勇怯忍痛不忍痛胜毒不胜毒形状篇辨善病风厥消瘅寒热痹积
总论时气（天时一）阴阳（天时二）地利（地利一）基址（地利二）十机（人事一）附∶小产论蓄外家（人事二）药食（论方）饮食（戒饮）男病（疾病一）女病（疾病二）附：衍庆编调经至言辨古续篇大意干道（蓄德一）坤道
卷一活幼指南赋慈幼敬心赋卷二小儿总治法小儿初生脐风小儿变蒸小儿胎疾小儿五脏部位五脏外症看小儿虎口纹脉法小儿夜啼惊风吐泻痢疾小儿疟疾咳嗽疳痨伤食伤风浮肿口疮疥疮染症五脏外症五软病症卷三水镜诀指掌形图入门
舌鉴辨正
序小引揉积论综概晒说跋
序序刻孙真人眼科秘诀序卷之一孙真人眼科总理七十二症秘诀冲和汤玄灵圣方制炉甘石药开明汤十大将军冲翳散揭障丹十二将军二圣散论二圣散扫雾丹制蕤仁之法大决明散赛宝丹调合赛宝丹法补脑还精丸外治烂弦迎风有泪方卷之
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
原序背疽方总论背疽其源有五察疽发有内外之别审内证用药服补药快捷方式疽发所在有不可治者戒忌麦饭石膏论治疽痈用药大纲论服嘉禾散论服不换金正气散论渴疾本原痈口将收论痈久疮口不合论痈疖不可用膏药贴合论